بررسی‌های انجام‌شده حاکی از وجود ابهامات و چالش‌های مالی مهمی در عملکرد و سوددهی «نفت سپاهان» تحت مدیریت فرهاد امین دهقان است که اهم آن‌ها به شرح زیر می‌باشد:
عدم به‌روزرسانی ارزش دارایی‌ها: عدم به روزرسانی ارزش منصفانه زمین، تاسیسات، ساختمان، ماشین‌آلات و تجهیزات پس از ارزیابی سال ۱۴۰۰.
چالش‌های حقوقی: وجود دعوای حقوقی گمرک و نامشخص بودن پیامدهای مالی ناشی از آن.
بدهی کلان: وجود هزار و ۱۹۶ میلیارد تومان بدهی به پالایش نفت اصفهان که رقم نهایی آن هنوز قطعی نشده است.
ثبت ذخیره بدون قرارداد معتبر: ثبت ۵۳۳ میلیارد تومان ذخیره خدمات راهبری بدون وجود قرارداد مورد تایید طرفین.
اختلاف نرخ خوراک: ثبت ۶۶۳ میلیارد تومان اختلاف نرخ خوراک مربوط به سال‌های ۱۴۰۳ و ۱۴۰۴.
